Suite au Concile de Tours de 1163, la Médecine et la Chirurgie ont été séparées l'une de l'autre. Dans ce texte, l'Eglise proscrit l'exécution d'interventions chirurgicales ("Ecclesia abboret a sanguine"). La Médecine et les universités étant en mains religieuses, l'accès aux anciens livres ainsi que l'enseignement du latin et du grec, essentiels pour comprendre les textes, est refusé aux chirurgiens. Ceci aura des répercussions extrêmement importantes sur le développement de ces branches médicales, et ce jusqu'au 18e siècle.
Avec le temps, les médecins se concentrent essentiellement sur l'aspect intellectuel de la Médecine. La pensée scolastique marque le fonctionnement. Au lieu d'examiner les patients, on se focalise sur des méthodes diagnostiques ou prédictives douteuses comme l'uroscopie ou même l'astronomie, on disserte longuement sur ces éléments, mais les interventions sur le patient sont déléguées à d'autres corps de métiers. C'est ainsi qu'il existe des phlébotomistes qui ne vivent que des saignées ordonnées par les médecins...
Vers la fin du Moyen-Age, il faut distinguer 3 corps de métiers indépendants dans la Médecine: les médecins, les chirurgiens et les pharmaciens. Les médecins se concentrent sur le diagnostic et les prescriptions. Les chirurgiens traitent les plaies, les fractures et exécutent diverses opérations. Les pharmaciens sont spécialisés dans les connaissances des médicaments et des plantes médicinales et préparent potions et onguents.
Dans la Chirurgie, il faut encore différencier les chirurgiens "à robe longue", issus d'une haute école de chirurgie, des barbiers. Ces derniers sont des artisans qui se transmettent le savoir selon un mode de maitre-apprenti comme dans d'autres artisanats. Concernant la Pharmacie, il faut encore mentionner que la culture des plantes médicinales était quasi-exclusivement pratiquée dans les monastères. Ceci pourrait évidemment aussi être exploité dans les Royaumes.
Du point de vue social, une nette scissure entre ville et campagne peut être observée chez les médecins et chirurgiens. Alors qu'en ville médecine équivaut à aisance financière, il en est tout autre à la campagne. Des médecins ou chirurgien avec une formation dans une haute école reconnue sont donc bien rares en-dehors des villes.